El Nivel Secundario del Colegio Loyola tiene una duración de 6 años, el primer ciclo consta de los grados 1°, 2° y 3°, y el segundo ciclo abarca los grados 4°, 5° y 6°. En ambos ciclos contamos, como máximo, con 25 alumnos por aula, para facilitar los procesos de aprendizajes. Este último tramo está diseñado para iniciar a los alumnos en las especialidades de sus futuros estudios universitarios, con las áreas optativas de Ciencia y Tecnología, Matemáticas y Tecnología, y Humanidades y Ciencias Sociales.
El propósito del Nivel Secundario es contribuir al desarrollo físico, cognitivo y psicosocial del adolescente, que en este periodo se hace capaz de explorar soluciones lógicas para conceptos tanto abstractos como concretos, y de razonar a través de analogías, comparaciones y metáforas. Se trata, por tanto, del momento en el que el alumnado afiance las competencias fundamentales adquiridas en los Niveles Incicial y Primario, de forma que pueda ponerlas en práctica en su transición a la vida adulta.
Para ello, contamos con varios salones audiovisuales, laboratorios de ciencias e informática y amplias instalaciones deportivas. La metodología del nivel es variada, ya que atiende a las necesidades específicas de cada materia, dando especial protagonismo al aprendizaje cooperativo y basado en proyectos, de acuerdo con las últimas innovaciones pedagógicas.
Debido a la importancia de esta etapa, el Colegio Loyola enriquece el curriculum con charlas de especialistas de todas las áreas, encaminadas a potenciar hábitos vinculados con la salud corporal, la seguridad personal y el equilibrio afectivo. Así mismo, nuestros estudiantes cuentan con un completo programa de orientación vocacional, en el que recibimos la visita de las universidades más importantes del país.